В настоящий момент существует единственная реализация PHP, ни одна сторонняя компания не поддерживает исполняемых модулей, отличных от официальной сборки. Такое положение вещей, с одной стороны, позволяет быстро внедрять и распространять нововведения среди сообщества разработчиков, с другой стороны, разрабатывать язык программирования в условиях отсутствия стандарта, так как единая реализация обеспечивает его по факту. В таких условиях большое значение приобретает версия интерпретатора, определяющая текущую функциональность (обратная совместимость между версиями интерпретатора не соблюдается строго). В 1994 году датский программист Расмус Лердорф создал набор скриптов на Perl/CGI для вывода и учёта посетителей его онлайн-резюме, обрабатывающий шаблоны HTML-документов. Лердорф назвал набор Personal Home Page (Личная Домашняя Страница). Вскоре функциональности и быстроты Perl — интерпретатора скриптов — перестало хватать, и Лердорф разработал с использованием языка C новый интерпретатор шаблонов PHP/FI (англ. Personal Home Page / Forms Interpreter — «Личная Домашняя Страница / Интерпретатор форм»). В 1997 году после длительного бета-тестирования вышла вторая версия обработчика, написанного на C — PHP/FI 2.0. Её использовали около 1 % (приблизительно 50 тысяч) всех интернет-доменов мира. Версия PHP 3.0 подверглась значительной переработке, определившим современный облик и стиль языка программирования. В 1997 году два израильских программиста, Энди Гутманс и Зээв Сураски, полностью переписали код интерпретатора. PHP 3.0 был официально выпущен в июне 1998 года. Одной из сильнейших сторон PHP 3.0 была возможность расширения ядра дополнительными модулями. Впоследствии интерфейс написания расширений привлёк к PHP множество сторонних разработчиков, работающих над своими модулями, что дало PHP возможность работать с огромным количеством баз данных, протоколов, поддерживать большое число API. Большое количество разработчиков привело к быстрому развитию языка и стремительному росту его популярности. Также язык был переименован в PHP. К зиме 1998 года, практически сразу после официального выхода PHP 3.0, Энди Гутманс и Зээв Сураски начали переработку ядра PHP. В задачи входило увеличение производительности сложных приложений и улучшение модульности базиса кода PHP. Новый движок, названный Zend Engine, успешно справлялся с поставленными задачами и впервые был представлен в середине 1999 года. PHP 4.0, основанный на этом движке и принёсший с собой набор дополнительных функций, официально вышел в мае 2000 года. В дополнение к улучшению производительности, PHP 4.0 имел ещё несколько ключевых нововведений, таких как поддержка сессий, буферизация вывода, более безопасные способы обработки вводимой пользователем информации и несколько новых языковых конструкций. Пятая версия PHP была выпущена разработчиками 13 июля 2004 года. Изменения включают обновление ядра Zend (Zend Engine 2), что существенно увеличило эффективность интерпретатора. Введена поддержка языка разметки XML. Полностью переработаны функции ООП, которые стали во многом схожи с моделью, используемой в Java. В частности, введён деструктор, открытые, закрытые и защищённые члены и методы, окончательные члены и методы, интерфейсы и клонирование объектов. В последующих версиях также были введены пространства имён и замыкания. Шестая версия PHP находится в стадии разработки с октября 2006 года. В ней уже сделано множество нововведений, как, например, исключение из ядра регулярных выражений POSIX и «длинных» суперглобальных массивов, удаление директив safe_mode, magic_quotes_gpc и register_globals из конфигурационного файла php.ini. Также много внимания уделено поддержке Юникода.